Tuy nhiên, bên cạnh những tiềm năng to lớn mà thiên nhiên ban tặng, hằng năm vùng ven biển nước ta luôn phải hứng chịu nhiều thiên tai như bão, áp thấp nhiệt đới, gió mùa, triều cường, nước dâng... Hệ quả của nó là gây xói lở bờ biển, bồi lấp cửa sông, phá hủy nhiều công trình dân sinh, kinh tế ven bờ, phá vỡ cấu trúc hệ sinh thái ven biển, gây không ít khó khăn cho các hoạt động sản xuất, an ninh quốc phòng và đời sống của những người dân ven biển. Mặt khác, các tác động của hoạt động kinh tế - xã hội vùng ven biển, trên các đảo như khai thác, chế biến tài nguyên biển đã và đang trực tiếp hoặc gián tiếp làm cạn kiệt tài nguyên và suy thoái môi trường biển.
Hội nghị lần thứ tư Ban Chấp hành Trung ương Đảng khóa X đã ban hành Chiến lược biển Việt Nam đến năm 2020. Theo đó đã xác định mục tiêu tổng quát đến năm 2020 Việt Nam trở thành quốc gia mạnh về biển, làm giàu từ biển, phát huy mọi tiềm năng từ biển. Cho nên, việc nghiên cứu biển đảo trên quan điểm địa lý tổng hợp một cách khoa học và hệ thống góp phần vào công cuộc phát triển kinh tế biển và bảo đảm an ninh quốc phòng là hết sức cấp thiết.
Viện Địa lý (Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam) đã được giao chủ trì thực hiện nhiều đề tài, dự án, nhiệm vụ chuyên môn các cấp về nghiên cứu biển - đảo phục vụ cho phát triển kinh tế - xã hội, phòng, chống thiên tai và bảo vệ chủ quyền của đất nước. Hàng chục đề tài cấp nhà nước đã được hoàn thiện, trong đó có đề tài: "Nghiên cứu, dự báo phòng, chống sạt lở bờ biển miền trung (từ Thanh Hóa đến Bình Thuận)" do PGS, TSKH Nguyễn Văn Cư làm chủ nhiệm. Đề tài làm sáng tỏ hiện trạng sạt lở bờ biển miền trung và xác định nguyên nhân, tìm ra quy luật và dự báo, cảnh báo tai biến sạt lở bờ biển ở một số đoạn xung yếu. Trên cơ sở đó, đề tài đã đề xuất các giải pháp khoa học kỹ thuật xử lý, ứng cứu, phòng tránh thích hợp bao gồm các giải pháp công trình và phi công trình. Nghiên cứu các quá trình xói lở, bồi tụ, bảo vệ bờ biển, biến đổi lòng dẫn vùng cửa sông trong những năm qua chủ yếu được tiến hành trong khuôn khổ các chương trình điều tra, nghiên cứu biển cấp nhà nước và hiện nay là các chương trình khoa học công nghệ biển cấp nhà nước. Trong giai đoạn 2001 - 2005, Viện Địa lý chủ trì thực hiện đề tài cấp nhà nước KC - 09 - 05: "Dự báo hiện tượng xói lở, bồi tụ bờ biển, cửa sông và các giải pháp phòng tránh". Đề tài đã đánh giá được hiện trạng xói lở, bồi tụ toàn dải bờ biển, cửa sông Việt Nam và một số khu vực trọng điểm, xác định nguyên nhân gây xói lở, bồi tụ bờ biển, cửa sông Việt Nam. Nhóm tác giả cũng đã dự báo được xu thế xói lở, bồi tụ một số khu vực trọng điểm bờ biển, cửa sông Việt Nam trên cơ sở phân tích, đánh giá các tác nhân, hiện trạng và xu thế diễn biến, xói lở, bồi tụ ở các đoạn bờ biển cụ thể. Đồng thời đề xuất được các giải pháp KH và CN phòng, chống xói lở, bồi tụ bờ biển, cửa sông cho các khu vực trọng điểm. Trong các năm từ năm 2007 đến 2010, Viện Địa lý tiếp tục chủ trì đề tài cấp Nhà nước KC.08.10/06-10: "Nghiên cứu quá trình động lực học, dự báo sự vận chuyển, bồi lắng bùn cát tại Lạch Huyện, Nam Đồ Sơn (Hải Phòng) trước và sau khi xây dựng cảng nước sâu và giải pháp khắc phục". Kết quả nổi bật của đề tài là đã đánh giá được hiện trạng và diễn biến xói lở, bồi tụ bờ biển, cửa sông; biến động địa hình đáy biển vùng cửa sông ven biển Lạch Huyện, Nam Triệu, Nam Đồ Sơn, và từ đó xác định nguyên nhân sa bồi luồng tàu, xói lở, bồi tụ bờ biển, cửa sông Lạch Huyện (Nam Đồ Sơn). Đề tài đã lựa chọn, ứng dụng và hoàn thiện một số mô hình số trị thủy động tính toán sự vận chuyển, bồi lắng bùn cát tại cửa Lạch Huyện phù hợp điều kiện đặc thù khu vực nghiên cứu với các phần mềm tương thích và kết quả tính toán dự báo đạt độ chính xác cho phép. Trên cơ sở đó các nhà khoa học đề xuất các giải pháp khắc phục bồi lắng luồng tàu và các biện pháp ngăn ngừa ảnh hưởng xấu đến môi trường sinh thái Cát Bà, tây bắc vịnh Hạ Long và Đồ Sơn.
Tham gia chương trình "Biển Đông - Hải đảo", cách đây hơn 10 năm, Viện chủ trì đề tài TS-02: "Nghiên cứu động lực và địa chất công trình, đề xuất giải pháp chống xói lở đảm bảo ổn định, an toàn các công trình trên quần đảo Trường Sa"... Kết quả nổi bật của đề tài là: đã xây dựng được bộ tư liệu về điều kiện tự nhiên ảnh hưởng quá trình bồi xói ven bờ bốn đảo lựa chọn (địa hình, địa mạo, trầm tích tầng mặt, sóng, gió, dòng chảy, vận chuyển bùn cát, biến dạng bờ bãi và địa chất công trình nền móng). Đề tài đã khảo sát, đo đạc đánh giá được hiện trạng bồi xói ven bờ đảo và dự báo xu thế biến động đường bờ trong trạng thái tự nhiên. Các nhà khoa học đã xác định được bản chất hiện tượng xói lở bờ biển của bốn đảo: Trường Sa, Nam Yết, Sơn Ca, Song Tử Tây. Mặt khác đã xây dựng được một bộ bản đồ chuyên đề phục vụ cho việc quy hoạch, thiết kế, xây dựng các công trình trên đảo. Một số kết quả nghiên cứu của đề tài đã được ứng dụng và mang lại hiệu quả thiết thực. Đề tài: "Xây dựng luận cứ khoa học cho việc quy hoạch khai thác sử dụng hợp lý tài nguyên, bảo vệ môi trường phục vụ phát triển kinh tế và bảo vệ chủ quyền lãnh thổ các đảo thuộc quần đảo Trường Sa". Sau ba năm triển khai, đề tài thu được những kết quả quan trọng là đã đánh giá tổng hợp điều kiện tự nhiên, tài nguyên thiên nhiên và môi trường một số đảo quan trọng và vùng biển quanh đảo. Đã xác định tiềm năng một số dạng tài nguyên quan trọng trên ba đảo lựa chọn là Trường Sa, Nam Yết và Đá Tây. Trên cơ sở đó đề xuất các biện pháp khoa học - kỹ thuật khai thác sử dụng hợp lý tài nguyên, bảo vệ môi trường, góp phần giữ vững chủ quyền lãnh thổ quần đảo Trường Sa.
Cùng với sự tăng cường, đổi mới trang bị kỹ thuật, trình độ nghiên cứu của đội ngũ cán bộ khoa học biển của ngành địa lý cũng được nâng lên một bước rõ rệt. Với sự cầu thị, không ngừng học hỏi, đến nay, các cán bộ nghiên cứu biển, nhất là các cán bộ trẻ, đã sử dụng phổ biến các phương pháp, kỹ thuật hiện đại như: mô hình số trị, các công cụ toán học, công nghệ thông tin, kỹ thuật viễn thám, GIS... trong nghiên cứu các dạng tai biến, môi trường biển. Nhờ vậy, các kết quả nghiên cứu hiện nay đã khác nhiều so với trước đây về chất lượng và tính hiện đại.
Tuy nhiên các phương tiện và thiết bị nghiên cứu khoa học biển và hệ thống các cơ sở đào tạo nguồn nhân lực cho phát triển kinh tế biển nước ta chưa được đầu tư thích đáng. Nước ta chưa có một mạng lưới trạm quan trắc đủ mạnh, trạm thu ảnh vệ tinh thường xuyên theo dõi, thu thập chủ động, có hệ thống các dữ liệu về điều kiện tự nhiên, tài nguyên và môi trường biển khu vực Biển Đông và lân cận...
Các mô hình số công nghệ cao đã được các nhà khoa học của Viện Địa lý áp dụng có hiệu quả trong các bài toán tính toán, dự báo quá trình xói lở, bồi tụ vùng bờ biển, đã cho chúng ta bức tranh tổng thể về quy luật biến đổi địa hình vùng bờ biển Việt Nam và chi tiết cho một số khu vực bờ biển bị sạt lở, cửa sông bị bồi tụ nghiêm trọng. Song các mô hình số trị tính toán, dự báo quá trình thủy thạch động lực chỉ có thể đạt hiệu quả khi các số liệu đầu vào (địa hình, chế độ sóng, gió, dòng chảy, mực nước,...) có độ tin cậy cao.
