Năm 2012 Tập thể Viện Địa lý vinh dự được Thủ tướng Chính phủ nước Cộng hòa xã Hội chủ Nghĩa Việt Nam Nguyễn Tấn Dũng trao tặng Bằng khen vì những thành tích trong công tác từ năm 2009 đến 2011 góp phần vào sự nghiệp xây dựng Chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ quốc.
Trước đó, năm 2008, để vinh danh những thành công của Viện Địa lý giai đoạn 2004-2006, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng cũng đã trao tặng bằng khen cho tập thể Viện Địa lý.
